La base de données de la Micro-Folie compte actuellement plus de 3000 œuvres d’art, numérisées en très haute qualité. Toutes sont issues de grandes collections des institutions culturelles nationales et internationales.
Les partenaires nationaux sont présents au nombre de 12 : le Louvre, le musée d’Orsay, le musée du Quai Branly-Jacques Chirac, le Centre Pompidou, le Château de Versailles, la Cité de la musique-Philharmonie de Paris, l’Institut du Monde Arabe, le musée national Picasso-Paris, l’Opéra de Paris, la Réunion des Musées Nationaux-Grand Palais, le Festival d’Avignon et Universcience. Une collection exclusivement dédiée aux musées de la ville de Paris (Paris Musées), vient enrichir cette offre déjà diversifiée.
Des collections internationales rejoignent progressivement le dispositif. C’est notamment le cas de la "collection Mexico” qui présente les vestiges des civilisations précolombiennes aztèques et mayas, tout comme la "collection Québec" faisant découvrir l'art autochtone des Indiens d'Amérique.
Des collections européennes mettent en lumière les grandes institutions muséales et les résidences royales, invitant à une véritable balade à travers l'Europe, son histoire et son patrimoine.
Des collections régionales invitent à la découverte de cultures locales et de musées spécialisés. C'est notamment le cas de "collection Hauts-de-France” et ses 22 musées aux thématiques parfois inédites, tout comme la "collection Corse" qui rejoint également la base de données et qui nous fait découvrir les traditions locales. La "collection Centre-Val de Loire" propose de découvrir les éléments les plus remarquables du patrimoine local. Enfin, la "collection Auvergne-Rhône-Alpes" nous emmène dans l'univers des tissus et du textile, s'appuyant sur ses richesses locales pluriséculaires.
Enfin, des collections thématiques viennent enrichir la base de données. Ainsi, la collection "Sport" et la collection "Impressionnisme" célèbrent respectivement, les Jeux 2024 et les 150 ans de l'impressionnisme. Cette dernière collection marque d'ailleurs le premier partenariat entre la Micro-Folie et des musées américains !
Toutes ces collections réunies offrent un panel important d'œuvres, dont les sujets couvrent toutes les périodes historiques, tous les continents et tous les supports artistiques. Ainsi, il est tout autant possible d’admirer les peintures rupestres réalisées dans les grottes préhistoriques que de s’arrêter devant La Grande Vague d'Hokusai, ou encore de découvrir les œuvres des cultures aborigènes, tout en admirant les fastes des plus beaux châteaux européens. 
Toutes les thématiques proposées dans le livret à feuilleter :
